行政院為解決易淹水地區水患問題，依據立法院95年1月13日三讀通過「水患治理特別條例」之規定，於95年5月3日核定經濟部研提之「易淹水地區水患治理計畫」（以下簡稱水患治理計畫），編列新臺幣(以下同)1,160億元特別預算，計畫期程共計8年(95年7月~102年12月)，分3階段研擬實施計畫報行政院核定後實施。
鑒於水患治理計畫業於102年底結束，又102年8月28日至9月1日因康芮颱風及其引進之西南氣流於中南部造成淹水災情，各直轄市、縣市政府殷切期盼行政院能持續補助經費辦理後續治水工作，行政院爰成立「行政院水患治理檢討專案小組」，除由相關部會組成外，並諮詢相關領域專家學者意見，於3個月內檢討過去執行的內容及成效，深入完整地分析與檢討，並應從「國土防災」、「綜合治水」、「立體防洪」、「流域治理」等面向，釐清真正有效的治理策略，提出未來治水方案，再根據治水策略籌措相關經費，讓編列的經費都能花在刀口上，發揮最大效益。
爰此，經濟部亦配合成立「易淹水地區水患治理計畫成效檢討小組」，依據「行政院水患治理檢討專案小組」決議事項，檢討95年起至102年止8年的執行績效，藉由地理空間資訊進行界面整合、原因分析，讓外界瞭解治水效益與其需再加強之處，以謀合出未來持續改善之具體內容與方法，除持續辦理水患治理計畫相關治理工程外亦提出創新作為，包括以國土規劃角度推動逕流分擔及出流管制，加強非工程與水共存等治水新思維，研提「流域綜合治理計畫(103-108年)」（以下簡稱本計畫）。
本計畫總經費計660億元，計畫期程預定為103~108年，共計6年並分三期辦理。透過計畫各部會及相關地方政府與農田水利會，依整體規劃成果，以跨域協調整合性概念，分工合作推行，計畫完成後，可達成整體減災效益、經濟效益、社會效益及生態環境效益等，有效穩定計畫區域人心，提升居民之積極進取心與生產力，而西南沿海地層下陷區，亦可提高保護標準，有效落實相關國土保育及永續發展工作。