(一)減少河川流域及區域排水集水區之淹水面積，降低洪災損失：
依據水患治理計畫完成之規劃報告所採用的流域整體綜合治水對策，逐步推動「外水不溢堤，內水不入門」的目標，本計畫完成後，計畫範圍內之河川流域及區域排水集水區預計完成225公里堤防護岸等防洪設施，搭配雨水下水道、農田排水、農糧作物保全及水產養殖排水等改善、可增加保護面積約320平方公里，減輕各項淹水損失，增加保護人口約120萬人。

(二)上游坡地水土保持及治山防洪將減少土砂災害、降低洪患規模、加速山坡地水土資源復育：
控制土砂生產量約1,260萬立方公尺(含國有林治理)，減輕下移至河道土砂量，防止河道淤積，確保土壤資源與水資源之永續利用。

(三)督導地方政府落實水利設施維護管理工作：
督導地方政府建立維護管理制度，包括轄區內水利建造物操作運轉維護之訂定、維護管理查核與缺失改善之追蹤工作及落實定期水道疏濬清淤等工作，確保設施運轉操作正常及水道通洪順暢，降低水患風險。

(四)提升雨水下水道實施率，擴大保護面積
台灣地區截至101年底規劃完成之雨水下水道系統總計有356處，總規劃面積為4,838平方公里，幹線長度為6,828公里。已完成的雨水下水道幹線長度為4,596公里，實施率為67.31 %。
本計畫預定可增加136公里雨水下水道幹線，及都市排水抽水站，可提升雨水下水道實施率2%，增加都市計劃區保護面積96平方公里。
另為因應氣候變遷，本計畫雨水下水道系統將依人口密度、都市發展等權衡輕重，並以「滯洪」、「減洪」及「分洪」之綜合治水理念，重新檢討規劃以提高保護。

(五)改善重要農業高淹水潛勢地區之水患問題:
本計畫預期可降低120平方公里重要農業高淹水潛勢地區之水患問題，農田排水設施完成農田排水渠道長度約78公里、構造物約100座以維持汛期間水路暢通，減少淹水損害程度及淹水時間。

(六)重要蔬菜產區列為農糧作物優先保全對象:
台灣重要蔬菜產區位於彰化、雲林、嘉義等縣及台南市，面積771平方公里，產量150萬公噸，占全台總產量一半以上，計畫藉由治水措施加強生產環境保全，並減少農業救助金之支出。

(七)提升水產養殖排水保護標準及淹水耐受力:
本計畫適用範圍之縣（市）管養殖漁業生產區及魚塭集中區內之水產養殖排水系統，預期可降低34平方公里養殖漁業生產地區高淹水潛勢地區之水患問題，及提高85平方公里養殖漁業生產地區淹水耐受力。

(八)強化土地開發利用之出流管制，逐步加強過渡至逕流分擔:
本計畫將由內政部針對開發行為、都市或非都市土地之使用分區變更等，全面檢視相關審議規範，並導入「出流管制」、「低衝擊開發」及「海綿城市」等概念，納入符合出流管制之滯蓄洪設施規定，並協調各目的事業主管機關，將逕流分擔之原則納入相關技術規範中，以達逕流分擔之目標。

(九)符合國土保育及永續環境理念：
在安全的原則下，規劃設計及施工兼顧生態保育，防止對環境資源失衡發展的發生，並善加珍惜與保護，以落實國土保育及永續家園的理念。

(十)強化非工程措施、降低災害風險：
非工程措施部分，推動防災社區之擴增、洪水與淹水預警系統維運或擴充及水災危險區地圖檢討及修正，落實減災避洪措施及教育宣導，強化水情災情監測與預警系統，減少淹水傷亡。

(十一)改善地層下陷區域環境，縮短城鄉差距：
地層下陷及地勢低窪之易淹水地區環境，因治理後改善生活環境品質、生產條件及土地價值均獲得提高，有助於區域之均衡發展，縮短城鄉差距，增加民眾對政府施政之向心力。

(十二)促進地方產業發展：
地方產業發展因本計畫降低淹水潛勢而創造新契機，促進地方產業轉型與遊憩生態旅遊產業發展。